Lignes liées
Le réseau MAT est ancré dans un réseau de transports multimodal (ferroviaire et routier) relevant de la Région Bretagne, autorité organisatrice de la mobilité interurbaine : le réseau BreizhGo.
Par ailleurs, Saint-Malo Agglomération bénéficie de services de transports locaux et internationaux, exclusivement maritimes, et exploités par des entreprises privées.
Desserte ferroviaire de Saint-Malo
Depuis 1864, le chemin de fer relie Saint-Malo à Rennes, par Dol-de-Bretagne. Electrifiée en 2005, à l'occasion de la création de TGVs issus de Paris, la ligne Rennes - St-Malo est le premier axe TER de la région Bretagne en nombre d'usagers TER quotidiens.
La desserte s'articule donc autour, tout d'abord, de la ligne 13 TER Bretagne Rennes <> St-Malo, qui propose à minima 18 AR/jour, cadencés à h+20 et h+50 à St-Malo, avec desserte des gares de La Gouesnière-Cancale et La Fresnais, situées dans le périmètre de St-Malo Agglomération.
À partir de l'électrification de la ligne, le service était opéré essentiellement avec des rames RRR couplées à des B25500 épaulées par des AGC en version électrique (Z27500) et plus exceptionnellement par des AGC bi-mode bi-courant (B82500) et des ZTER (Z21500). Depuis l'automne 2014, l'ensemble des circulations est progressivement assuré par des Regio2N de Bombardier (Z555000) livrées depuis novembre 2014.
En complément de la desserte régionale, la Gare de Saint-Malo bénéficie de 3 AR/jour (4 les Vendredis et Dimanches) TGV Paris <> St-Malo. Depuis l'ouverture de la LGV Bretagne Pays de la Loire, ils sont effectués au mieux en 2h15 (contre 2h52 précédemment). Des TGV Intersecteurs Lille <> Saint-Malo ont existé jusqu'en 2017.
En outre, les haltes de Plerguer et Miniac-Morvan, également sur le territoire du réseau MAT, sont reliées par la ligne 17 TER Bretagne (Rennes -) Dol - Dinan, exploitée à l'aide d'automoteurs X73500. L'infrastructure a été intégralement rénovée entre 2020 et 2021. À l'été 2015, une circulation expérimentale entre Dinan et St-Malo a été réalisée mais est restée sans suite à ce jour. En revanche, depuis décembre 2017, un aller-retour quotidien entre Dinan et Rennes avec arrêts à Dol-de-Bretagne et Pontchaillou est opéré.
Jusqu'en 2017, une desserte TER Touristique estivale LigneBaie proposait deux AR quotidiens St-Malo <> Granville par Dol, Avranches. Elle renforçait la desserte ferroviaire entre la cité Malouine et de la ville de La Gouesnière. La ligne Dol-de-Bretagne - Lison sur laquelle circulait ce service a bénéficié d'un renouvellement voie-ballast sur l'une des deux voies à l'été 2013, avant d'être mise à voie unique dans le courant de l'année 2018.
Lignes routières régionales
Historiquement, Saint-Malo est desservie par les réseaux départementaux des Côtes d'Armor (Tibus) et d'Ille-et-Vilaine (Illenoo). Depuis 2018, leurs identités respectives sont progressivement remplacés par celle du réseau régional BreizhGo. En revanche, la renumérotation des lignes régionales, afin de supprimer les doublons, tarde à être effectuée.
Depuis la rentrée 2011, la refonte du réseau Illenoo fait que Saint Malo voit passer 3 des lignes départementales d'Ille-et-Vilaine :
- La ligne 8b, jusqu'à Tinteniac. Certaines courses sont prolongées en ligne 8a jusque Rennes, d'autres donnent une simple correspondance.
- La ligne 16, jusqu'à Dinard et Saint Briac. Jusqu'à la rentrée 2014, elle était numérotée 16a pour la distinguer de la 16b, qui proposait une desserte en correspondance entre DInard et la Richardais.
- La ligne 17été, jusqu'à Pontorson en période estivale. À l'origine, cette ligne circulait toute l'année et complétait l'offre de la ligne 11 du réseau KSMA entre Saint-Malo et Hirel.
L'exploitation de ces lignes est assurée par Keolis Armor, depuis les dépôts de Dinard et de Saint-Malo.
Du fait de la proximité du département des Côtes d'Armor avec la ville de Saint Malo, 2 lignes de l'ancien réseau départemental Tibus y font leur terminus :
- La ligne 10, jusqu'à Dinan via Pleudihen,
- La ligne 14, jusqu'à Saint Cast, qui est semi-directe sur la partie desservie par la ligne 16a Illenoo.
Ces lignes sont exploitées par Transdev-CAT.
Liaisons Maritimes
Liaisons Internationales
La ville de Saint-Malo possède deux gares maritimes, dont une destinée aux ferries internationaux, le terminal ferries du Naye. Inauguré en juin 1976 pour permettre l'ouverture de la liaison Saint-Malo - Portsmouth, il est aujourd'hui desservi par deux compagnies : Brittany Ferries et Condor Ferries.
Brittany Ferries propose une liaison quotidienne avec Portsmouth (Hampshire, Angleterre), effectuée en 8h environ et exploitée par le MV Bretagne (mes 1989) et par les MV Armorique (mes 2009) et MV Pont-Aven (mes 2004) en hiver. Durant cette période, s'ajoute à cette liaison une desserte hebdomadaire vers Plymouth (Angleterre, Cornouailles), exploitée avec les MV Bretagne et MV Armorique.
Condor Ferries propose des services quotidiens à bord de navires rapides entre Saint-Malo et les iles anglo-normandes Jersey et Guernesey. Cette ligne est habituellement exploitée avec le HSC Condor Rapide (mes 1997, acquis en 2010 par Condor Ferries). La compagnie propose également des traversées vers le port de Poole (Dorset, Angleterre), nonobstant une correspondance à l'une ou l'autre des Iles Anglo-Normandes.
Liaisons de proximité
La Compagnie Corsaire offre des liaisons entre Saint-Malo et Dinard, au départ de la cale de Dinan en haute saison. La traversée s'effectue en 10 minutes environ, avec un cadencement allant jusqu'au 15mn en pleine saison.
Elle propose également des visites de la baie de St-Malo au départ de la gare maritime de la Bourse.