Le réseau MAT compte 15 lignes régulières, numérotées de 1 à 15, et hiérarchisées de la manière suivante :
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Les lignes 1, 2 et 3 sont les lignes principales du réseau, et offrent une fréquence de 15 minutes en journée. Elles fonctionnent également en soirée du jeudi
au samedi (tous les jours en été), et la journée le dimanche avec une fréquence adaptée.
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Les lignes 4, 5 et 6 sont des lignes urbaines circulant avec une fréquence de 30 minutes environ en journée. Elles offrent également un service réduit le
dimanche (sauf la ligne 6).
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Les lignes 7 et 8 sont des lignes urbaines circulant avec une fréquence de 60 minutes environ en journée.
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La ligne 9 est une ligne estivale assurant la desserte de la côte entre Saint-Malo et Cancale.
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Les lignes 10 à 14 sont des lignes périurbaines desservant l'ensemble des communes de l'agglomération vers la gare de Saint-Malo.
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La ligne 15 est une ligne desservant le centre aquatique Aquamalo pour les communes ne disposant pas de liaison directe. Elle fonctionne les mercredi, samedi et
dimanche en hiver, et tous les jours en été.
En complément des lignes régulières, des circuits scolaires sont proposés sur l'agglomération, principalement depuis les communes périurbaines vers les deux centres
scolaires (Saint-Malo et Cancale).